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Si riporta di seguito la composizione dei gironi relativi al campionato di Eccellenza pugliese stagione sportiva 2020/21:
Girone A
- Alto Tavoliere San Severo
- Atletico Vieste
- Audace Barletta
- Barletta
- Città Di Mola
- Corato
- Manfredonia
- Ostuni
- Real Siti
- San Marco
- Team Orta Nova
- Unione Calcio Bisceglie
- United Sly
- Vigor Trani
Girone B
- A. Toma Maglie
- Ars et Labor Grottaglie
- Atletico Racale
- Castellaneta
- De Cagna
- Deghi
- Gallipoli
- Ginosa
- Manduria
- Martina
- Sava
- Soccer Massafra
- Ugento
- Virtus Matino
Le rispettive composizioni sono state stabilite in base a criteri di prossimità geografica, tenuto conto anche della facilità di collegamento fra le sedi in cui si svolgeranno gli incontri.